Quần đảo Nicobar, ba trong số đó-Nicobar, Little Nicobar và Katchal Island cung cấp môi trường sống tự nhiên cho những con khỉ. Một nghiên cứu năm 2003 đã xác định một số 788 nhóm của phân loài này trong tự nhiên trên ba hòn đảo, trong các kích cỡ nhóm trung bình 36 cá thể, mặc dù các nhóm lên đến 56 được ghi nhận. Các nhóm này bao gồm nhiều con đực và con cái, cùng với con chưa trưởng thành của chúng. Con cái trưởng thành trong một nhóm đông hơn các con đực trưởng thành với tỷ lệ khoảng 4: 1, với tỷ lệ khỉ nhỏ chưa trưởng thành để con cái trưởng thành là gần bằng nhau, biểu hiện của một sự bổ sung mạnh khỏe.Ngoài các quần thể trong tự nhiên, chỉ có một nhóm duy nhất (tính đến 2002) của một số 17 cá thể được tổ chức tại một vườn thú Ấn Độ cho mục đích sinh sản nuôi nhốt và nghiên cứu.

Quần thể của loài này được đặc biệt chú ý trong khu dự trữ sinh quyển lớn Nicobar, và hai công viên quốc gia thành phần của Ấn Độ, Vườn quốc gia Campbell Bay và Vườn Quốc gia Galathea. Mặc dù các khu vực được bảo vệ khu vực, và các động vật được phân loại như một con vật Chương trình I dưới 1.972 động vật hoang dã của Ấn Độ, nhưng việc lấn chiếm ngày càng tăng của các khu định cư và đất nông nghiệp trong khu vực tiếp giáp của phần đông nam của hòn đảo này đã dẫn đến một số vấn đề với các cư dân địa phương. Những nhóm khỉ Nicobar khỉ đuôi dài đã được báo cáo là gây thiệt hại mùa màng của người định cư, và một vài con khỉ đã bị giết bất hợp pháp. Đặc biệt, đôi khi chúng bị săn bắt hoặc bị mắc kẹt để bảo vệ vườn dừa.

Khỉ Nicobar đã từ lâu bị săn bắt để sinh sống của các dân tộc bản địa Shompen của Nicobar, mặc dù bọn chúng không tạo thành một phần quan trọng của chế độ ăn uống của họ. Như với các loài linh trưởng khác có môi trường sống trùng với hoặc bị xâm hại bởi các hoạt động định cư của con người, có một số nguy cơ của việc lây nhiễm bệnh từ động vật sang cho các cá thể những người tiếp xúc gần gũi với chúng. Một nghiên cứu vào năm 1984 đã xác định được sự nhạy cảm với ký sinh trùng sốt rét.